– Det var verkligen en trevlig överraskning att få stipendiet. Jag visste inte ens att jag var nominerad, säger Lisa Menacher.
Lisa Menachers resa in i att använda maskininlärning inom biologi började med ett tidigare projekt med samma handledare, som del av hennes internationella masterutbildning inom statistik och maskininlärning.
– Jag visste att jag ville fortsätta arbeta inom biologi, och masteruppsatsen gav mig en möjlighet att bygga vidare på mina tidigare erfarenheter och att tillämpa maskininlärning på ett intressant forskningsområde.
I arbetet med uppsatsen fokuserade hon på att hantera komplicerade utmaningar inom cancerbehandling, särskilt problemet med att standardbehandlingar ofta ger olika resultat för olika individer.
– Cancer är en mycket komplex sjukdom och behandlingar fungerar ofta inte lika bra för alla. Med precisionsmedicin försöker man ta hänsyn till biologiska skillnader mellan individer.
Lisa Menacher använde maskininlärning för att analysera en mätning av geners aktivitet, så kallat genuttryck. Genuttryck används för att försöka förutsäga läkemedelsrespons vid cancer. Traditionellt mäts geners aktivitet som ett genomsnitt från många celler samtidigt, vilket kan dölja viktiga detaljer. Hon testade en metod som försöker ta fram information om enskilda celltyper från sådana genomsnittsmätningar. Resultaten visade dock att metoden bara gav en liten förbättring i noggrannheten. Trots detta förblir hon hoppfull.
– Biologi är otroligt varierande. Framtida forskning skulle kunna fokusera på specifika cancer- eller vävnadstyper, vilket kanske skulle ge bättre resultat.
Hon betonade också utmaningen med att arbeta med begränsade dataset, det vill säga informationen som AI:n tränas upp på. Inom det medicinska området är det ofta svårt att få tag i stora mängder av relevant information för att träna AI-modeller. En andra utmaning för henne var den tidskrävande processen att kombinera och bearbeta data.
Fridykning och matlagning
På fritiden fridyker hon gärna och hon lägger mycket tid på att laga mat med sina vänner. Lisa Menacher är från Tyskland och hon lyfter fram gemenskapen hon har hittat genom sitt internationella program.
– Mat för oss ofta samman, tillade hon med ett leende.
Samarbeten mellan datavetare och biologer
Nu har hon påbörjat ett nytt kapitel som doktorand, där hon i stället övergått till rättsmedicinsk forskning, även kallad forensisk medicin. Hennes projekt handlar om att analysera små molekyler i blodprover för att undersöka dödsorsaker eller tidpunkter för dödsfall med hjälp av maskininlärning. Även om hennes nya fokus skiljer sig från det tidigare arbetet inom cancerforskning, är hon fortfarande mycket intresserad av kombinationen biologi och datavetenskap.
– Det sker så mycket samarbeten mellan datavetare och biologer som kombinerar de här områdena. Jag ser fram emot att se vart det leder.
