Allt fler studier visar att spermier innehåller ett rikt och komplext RNA-landskap. Samtidigt blir det tydligt att många av dessa molekyler inte kan upptäckas med traditionella metoder. Det innebär att viktiga biologiska signaler kan ha förblivit dolda, trots årtionden av forskning.
I vår forskargrupp har vi utvecklat nya metoder för att upptäcka RNA-molekyler som tidigare varit osynliga för konventionella analyser. Dessa verktyg har redan avslöjat nya biologiska signaler i spermier, men mycket återstår att förstå. Därför fortsätter vi att utveckla både experimentella och beräkningsbaserade metoder för att kartlägga spermiernas dolda RNA-landskap och undersöka hur dessa molekyler påverkar fertilitet och embryots utveckling.
VÃ¥r strategi
För att upptäcka nya biologiska signaler krävs ofta nya verktyg. I vår forskargrupp utvecklar vi metoder för RNA-sekvensering och dataanalys som gör det möjligt att upptäcka molekyler som tidigare varit osynliga för konventionella analyser.
När vi identifierat nya RNA-molekyler undersöker vi deras funktion i experimentella modeller. Genom att kombinera metodutveckling med molekylärbiologi kan vi gå från upptäckt till förståelse och kartlägga de signaler som formar spermiernas dolda RNA-landskap.
Pågående forskning
- Att upptäcka tidigare osynliga RNA-signaler i spermier
Traditionella RNA-analyser fångar bara en del av spermiernas molekylära innehåll. Med hjälp av vår sekvenseringsmetod 5XP-seq och analysplattformen Seqpac har vi identifierat RNA-molekyler som tidigare undgått upptäckt.
Vår nuvarande forskning fokuserar på att förstå vilken funktion dessa RNA har efter befruktningen. Vi undersöker hur de bearbetas i det tidiga embryot och om de bidrar till att reglera de första utvecklingsstegen efter befruktningen.
Viktiga publikationer
Kugelberg et al., (under review) - Non-canonical sperm-borne miRNAs regulate maternal mRNA in the Drosophila embryo
Vi har identifierade en tidigare okänd grupp av miRNA i spermier som undgått upptäckt med traditionella metoder. Studien visar att dessa RNA kan påverka regleringen av maternella mRNA under embryots allra första utvecklingssteg.
Kugelberg et al., RNA Biology (2021)
Utvecklade 5XP-seq, en ny sekvenseringsmetod som gör det möjligt att upptäcka små RNA med olika kemiska egenskaper och därmed avslöja molekyler som tidigare varit osynliga för standardmetoder.
Skog et al., Bioinformatics (2023)
Utvecklade Seqpac, en analysplattform för små RNA-data som möjliggör reproducerbara analyser och upptäckt av nya RNA-signaler.
Vart är vi på väg
Utvecklingen inom RNA-biologi fortsätter att avslöja nya molekyler och biologiska signaler som tidigare varit okända. Samtidigt visar våra egna studier att viktiga RNA-signaler kan ha förblivit dolda därför att de inte fångas upp av traditionella analysmetoder.
I takt med att nya tekniker gör det möjligt att upptäcka och tolka dessa signaler hoppas vi kunna kartlägga fler delar av spermiernas dolda språk och förstå hur information förs vidare mellan generationer.